La muerte de su esposo Felipe el Hermoso volvió completamente loca a doña Juana. Para unos, el origen esta demencia fue la pasión de los celos.
 
Otros, sin embargo, sostienen que doña Juana nunca estuvo loca, sino que la hicieron pasar por tal, a fuerza de malos tratamientos, su marido y su hijo respectivamente, para arrebatarle el cetro.
 
Desde el primer momento sintió doña Juana la Loca por su marido una pasión morbosa, tanto más intensa y agudiza cuanto mayores eran los desperecios y liviandades de él. Los devaneos del archduque no cesaban, y, lo que es aún peor, mostrábase cruelmente desenfadado, no teniendo para con su mujer ni siquiera la piedad del disimulo.
 
Se cuenta que don Felipe el Hermoso buscaba sus concubinas entre las damas de la Corte, haciendo presenciar a doña Juana el odioso espectáculo de tan ofensivas preferencias.
 
En cierta ocasión la desgraciada infanta sorprendió a su protervo esposo en flagrante intimidad con una de sus damas, rubia beldad, cuyos cabellos ostentaba con orgullo su poseedora. Sintiéndose cual leona herida, doña Juana cerceñó las doradas trenzas de su rival y se las mostró al infiel, diciendo:
 
- ¿Conocéis estos cabellos?
 
Felipe, hermoso, pero no caballeroso, reaccionó brutalmente, golpeando como un rufián a su celosa esposa.
 
Con su instinto de madre la reina Isabel I la Católica presentía algo sobre los sufrimientos de hija. Mas en vano le escribía tiernas epístolas pidiéndole noticias acerca de su existencia. Juana no contestaba nunca.
 
Sin embargo, al morir el príncipe don Juan y quedar su hermana Juana como heredera de los reinos de Castilla y Aragón, era necesaria su presencia para ser jurada por las Cortes.
 
Por fin, tras muchos ruegos y gracias a las gestiones del embajador Gutierre de Fuensalida, Felipe el Hermoso y su mujer doña Juana llegaros desde Amberes a España por Fuente rrabía. Los Reyes Católicos salieron presurosos para coincidir en Toledo, donde pudieron abrazar a su amada hija.
 
Después de los saludos, la reina Isabel encerróse con doña Juana en un aposento y le pidió a su hija que le contara si era feliz como ella quería verle.
 
Doña Juana la Loca dudó un instante, deseosa de callar, para no descubrir la úlcera dolorosa de su alma. Mas no pudo y rompiendo a llorar, entrecortadamente, hizo el angustioso relato del calvario matrimonial que había destrozado su existencia.
 
Después de muerta doña Isabel la Católica, don Felipe el Hermoso y doña Juana, que se hallaban en Flandes, retornaron a España, para reinar, si bien por poco tiempo (1504-1516).
 
Mal gobernante, despreocupado de cuanto no fuese su egolátrico proceder, Felipe el Hermoso tan sólo atendía a sus caprichos y placeres, olvidando a su esposa, ya en plena versanía. Residían en la casa “del cordón” en Burgos.
 
Cierto día departía el apuesto príncipe con varios cortesanos acerca de la aparición de un cometa en el horizonte.
 
-Dicen que este fenómeno presagia la muerte de algún príncipe – dijo uno.
 
-¡bah! – contestó Felipe, soltando la carcajada -. Guarde Dios a mi padre y a mí, y de los demás haga lo que guste.
 
Pocos días más tarde moría de forma inesperada. Doña Juana, que no le abandonó un instante mientras duró la breve enfermedad, negóse a reconocer la realidad.
 
- Mi esposo idolatrado no ha muerto – decía – : está dormido.
 
De no haber estado ya loca, hubiese perdido la razón ante el duro trance. Consintió que guardasen el cuerpo amadísimo en un ataúd, pero no toleró que lo enterraran, y dispuso que quedara depositada en la Cartuja burgalesa.
 
Y allí iba todas las semanas la doliente doña Juana. Hacía abrir el féretro, y abrazada y besaba con frenesí el cadaver putrefacto.