Napoleón intentó muy seriamente llevar a cabo la anexión de Cataluña a Francia (algo que, de hecho había sido una constante en la política francesa durante siglos). Y no solo de Cataluña. Ya en febrero de 1810 decretó que Cataluña, Aragón, Navarra y las Provincias Vascongadas (todas las regiones españolas al norte del Ebro) pasarían a depender únicamente de gobiernos militares franceses creados al efecto, segregando así a estas regiones de la España gobernada por su hermano José Bonaparte, una situación que duraría casi toda la guerra (1808-1814).

Además, en su correspondencia a sus militares en España dejó bien claro que su objetivo era que estas regiones quedaran unidas a Francia perpetuamente. En el caso de Cataluña esto se acompañó del intento de estimular el sentimiento particularista y separatista en los catalanes. En abril de 1810 el gobierno militar francés de Cataluña, al mando del mariscal Augereau, quedó rebautizado oficialmente como “Govern de Catalunya” en una solemne ceremonia oficial en Barcelona mientras quedaban arriadas las banderas españolas y se sustituyeron únicamente por banderas francesas y catalanas. El castellano quedó suprimido como idioma oficial siendo sustituido por el catalán y la idea era introducir progresivamente el francés.

El hombre de confianza de Augereau, el intendente de Gerona, Tomás Puig, el principal  dirigente afrancesado en la Cataluña de la época elaboró para Augereau un “Plan de Organización política para Cataluña que preveía, además de la anexión a Francia, un amplio programa de eliminación del español como idioma jurídico, la introducción del Codigo Civil francés napoleónico y numerosas medidas para incautar bienes eclesiásticos, eliminar conventos y monasterios, “eliminando la influencia religiosa del espíritu de los catalanes”, entre otras medidas. Se trataba, obviamente de impulsar legalmente en Cataluña las ideas de la Revolución francesa.

Más tarde en enero de 1812 Cataluña, gobernada entonces por el general francés Decaen quedó dividida en 4 departamentos (en la organización territorial francesa, los departamentos vienen a ser lo que en España son las provincias) y se dio un paso más hacia la anexión enviando un gran número de funcionarios franceses a Cataluña, mientras se instauraba oficialmente el Código Civil francés en la región. Todo el proceso de anexión estaba muy detalladamente organizado, pero se encontró un grave problema: Fue totalmente rechazado por la gran mayoría de los catalanes de la época. Mientras Napoleón y sus afrancesados trataban de atraerse a los catalanes, miles de jóvenes catalanes estaban luchando junto a las fuerzas militares españolas en defensa de la Religión, de España, de Fernando VII y de la Cataluña tradicional con un apoyo popular masivo, (como admiten los historiadores catalanes especializados en la Guerra de la Independencia, como Mercader y Riba y muchos otros) por mucha consternación que ello cause a los independentistas hoy.

El momento más difícil de la Guerra, para los patriotas en toda España y especialmente en Cataluña fue el año entre el verano de 1811 y el verano de 1812 aproximadamente. Fue un período en que momentáneamente la ocupación militar francesa pareció consolidarse en España, así como la desmembración de ésta con una serie de victorias del ejército napoleónico que parecieron poner en jaque a la guerrilla patriótica española. Lejos de desanimarse, la reacción de los guerrilleros en toda España fue redoblar la lucha. En Cataluña, el ejército español, formado por 5 pequeñas divisiones de origen guerrillero mandado en esta época por el general Luis Lacy, (natural de Cádiz, de ascendencia irlandesa) no se quedo atrás. Lacy y sus lugartenientes como Manso, Miláns del Bosch, el Barón de Eroles, se lanzaron a una guerra total contra los franceses utilizando por primera vez medios como los explosivos o el veneno contra los soldados franceses, los cuales llevaban a cabo durísimas represalias. Fue el periodo más sangriento de la guerra. A partir de agosto de 1812 con la gran derrota de los franceses ante el ejército angloespañol mandado por el inglés Duque de Wellington en la batalla de los Arapiles, cerca de Salamanca y las noticias del desastre francés en la campaña de Rusia en los meses siguientes, dieron un vuelco a la situación y empezó a percibirse claramente que Napoleón sería finalmente derrotado y sus planes de desmembración de España, afortunadamente arruinados.